Ο Γυμναστικός Σύλλογος Αμαρουσίου είναι από τους πιο ιστορικούς της χώρας και όσον αφορά στο ανδρικό μπάσκετ ένας από τους έξι που έχουν κατακτήσει ευρωπαϊκό τίτλο (οι ΑΕΚ, Άρης, Ολυμπιακός, Παναθηναϊκός και ΠΑΟΚ είναι οι υπόλοιποι πέντε).

Το τμήμα μπάσκετ του Γ.Σ.Α. ιδρύθηκε το 1950. Το 1967 προπονητής ανέλαβε ο Δημήτρης Σεντούκας, ο οποίος οδήγησε την ομάδα σε συνεχείς ανόδους και το 1969 στην Α’ Εθνική με παίκτες τους Κώστα Κουτσούκο, Δημήτρη Δημητροκάλη, Βασίλη Κωνσταντίνου, Παύλο Αραποστάθη, Νίκο Σισμάνη, τον νεαρό Δημήτρη Φωσσέ κ.α.

Το 1971 ο Γ.Σ.Α. επανήλθε στην Α’ Εθνική και την δεκαετία του ’70 καθιερώθηκε στα «σαλόνια» του ελληνικού μπάσκετ ως μια υπολογίσιμη δύναμη με ισχυρή έδρα και φανατικό κοινό στο κλειστό (από το 1972) γήπεδο «Σπύρος Λούης». 

Την σεζόν 1977-78 το Μαρούσι με ηγέτες τον Φωσσέ και τον αείμνηστο Νίκο Δαρίβα, τους Γιώργο Σπανουδάκη, Σταύρο Κόντο, Βασίλη Νυδριώτη, Νίκο Μαραθιανάκη, Γιάννη Κουκή, Κώστα Κολοβέρο κ.α. να τους πλαισιώνουν και προπονητές τον αείμνηστο Θανάση Χριστοφόρου και τον Κώστα Κουτσούκο τερμάτισε 5ο στην βαθμολογία της Α’ Εθνικής και προκρίθηκε για πρώτη φορά στην ιστορία του συλλόγου στο Κύπελλο Κόρατς.

Το 1998 και μετά την ανάληψη της διοίκησης από την οικογένεια Βωβού το Μαρούσι επέστρεψε στην Α1 ύστερα από 17 χρόνια. Τρία χρόνια αργότερα, στις 17 Απριλίου 2001, έγραψε ιστορία κατακτώντας στην Βαρσοβία με νίκη επί της γαλλικής Σαλόν (74-72) το Κύπελλο Σαπόρτα με σύνθεση τους Τζίμι Όλιβερ, Σωτήρη Νικολαίδη, Γιώργο Μασλαρινό, Ασράφ Αμάγια, Βαγγέλη Βουρτζούμη, Αλέξη Φαλέκα κ.α. και προπονητές τους Βαγγέλη Αλεξανδρή, Νίκο Λινάρδο.

Το 2004 με κόουτς τον Παναγιώτη Γιαννάκη και αθλητές τους Βασίλη Σπανούλη, Ρόντρικ Μπλάκνεϊ, Αντρέ Χάτσον, Λάζαρο Αγαδάκο, Ιβάν Γκργκατ κ.α. έφτασε στους τελικούς του Πρωταθλήματος (ήττα με 3-0 από τον Παναθηναϊκό) και πέντε χρόνια αργότερα το 2009 προκρίθηκε με κόουτς τον Σούλη Μαρκόπουλο στην Ευρωλίγκα.

Στην κορυφαία ευρωπαϊκή διασυλλογική διοργάνωση την σεζόν 2009-10 έφτασε έως το Top 16 με προπονητή τον Γιώργο Μπαρτζώκα και παίκτες τους Μπιλ Κις, Τζαμόν Γκόρντον, Κώστα Καϊμακόγλου, Μιχάλη Πελεκάνο, Δημήτρη Μαυροειδή κ.α.